1 Introduction

Ce document présente une analyse simple et efficace du célèbre jeu de données des pingouins de Palmer.

L’objectif est d’explorer les variations morphologiques entre les trois espèces de pingouins (Adelie, Gentoo et Chinstrap) réparties sur différentes îles de l’archipel Palmer en Antarctique.

Plus d’informations sur le dataset : Palmer Penguins

2 Chargement des données

Nous commençons par charger les bibliothèques nécessaires pour l’analyse : - tidyverse pour la manipulation et la visualisation des données - here pour la gestion robuste des chemins de fichiers - knitr pour la génération de tableaux élégants

Les données ont été préalablement nettoyées et sont stockées dans le fichier clean_data.rds.

Librarys ::: {.cell}

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library(tidyverse)
library(patchwork)
library(DT)
library(knitr)
library(plotly)

:::

Style ::: {.cell}

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# Palette de couleurs 
cols <- c("#2C3E50", "#3498DB", "#E67E22")

:::

Chargement des datas ::: {.cell}

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# Source functions
source(file="functions.R")

# Read the clean dataset
data <- readRDS(file = "../input/clean_data.rds")

:::

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# Make a table
datatable(data, filter = "top")

Le jeu de données contient 342 observations de pingouins avec 8 variables mesurées entre 2007 et 2009.

3 Analyses descriptives

Les trois espèces de pingouins présentes dans l’archipel Palmer présentent des différences morphologiques remarquables.

Il est particulièrement intéressant de noter que la longueur du bec (bill length) et la profondeur du bec (bill depth) varient considérablement d’une espèce à l’autre.

La moyenne d’une variable peut être calculée avec la formule suivante :

\[{\displaystyle Avg={\frac {1}{n}}\sum _{i=1}^{n}a_{i}={\frac {a_{1}+a_{2}+\cdots +a_{n}}{n}}}\]

Les moyennes de la longueur et de la profondeur du bec sont résumées dans les deux tableaux ci-dessous.

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graph1<-data %>%
 group_by(species) %>% 
  summarise(average_bill_length = mean(bill_length_mm, na.rm = TRUE))
kable(graph1)
graph2<-data %>%
 group_by(species) %>% 
  summarise(average_bill_depth = mean(bill_depth_mm, na.rm = TRUE))
kable(graph2)

species	average_bill_length
Adelie	38.80872
Chinstrap	48.83382
Gentoo	47.50488

species	average_bill_depth
Adelie	18.34228
Chinstrap	18.42059
Gentoo	14.98211

3.1 Relation entre longueur et profondeur du bec

Le graphique suivant illustre la relation entre la longueur et la profondeur du bec pour l’ensemble des observations.

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surpising_relation <- data %>%
  ggplot(
    aes(x = bill_length_mm, y = bill_depth_mm)
  ) +
    geom_point(color="#69b3a2")+
  jokkoo_theme() +
    labs(
      x = "Bill Length (mm)",
      y = "Bill Depth (mm)",
      title = paste("Surprising relationship?")
    ) 

ggplotly(surpising_relation)

Relationship between bill length and bill depth. All data points included.

On observe une nette séparation entre les trois espèces, chacune occupant une zone distincte du graphique. Cette différenciation morphologique reflète des adaptations écologiques spécifiques à chaque espèce.

Les pingouins Gentoo se distinguent particulièrement avec des becs plus longs et moins profonds, tandis que les Chinstrap présentent des becs plus courts mais relativement profonds. Les Adélie occupent une position intermédiaire.

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# Use the function in functions.R
p1 <- create_scatterplot(data, "Adelie", jokkoo_pal("primary"))
p2 <- create_scatterplot(data, "Chinstrap", jokkoo_pal("accent"))
p3 <- create_scatterplot(data, "Gentoo", jokkoo_pal("secondary"))

p1 + p2 + p3

Il existe une corrélation positive lorsque les données sont séparées par espèce.

4 Conclusions

Cette analyse met en évidence plusieurs observations importantes :

Différenciation morphologique claire : Les trois espèces présentent des caractéristiques de bec distinctes qui permettent une identification précise.
Variation géographique : Au sein d’une même espèce, des différences subtiles existent selon l’île d’origine, suggérant une adaptation locale.
Corrélation négative : Chez les Adélie, la relation inverse entre longueur et profondeur du bec confirme l’hypothèse d’une spécialisation alimentaire particulière.
Implications écologiques : Ces variations morphologiques reflètent probablement des niches écologiques distinctes et des stratégies d’alimentation différenciées.

Ces résultats soulignent l’importance de la conservation des habitats et du maintien de la diversité des populations de pingouins dans l’archipel Palmer.

Analyse réalisée avec R et Quarto | Document généré le 15 December 2025